宗教法人の税金ということで法人税の取扱いを見てきましたが、関連として「源泉所得税」を見ていきます。

●　給与には源泉所得税がかかる…宗教法人の源泉所得税の税務調査は一般的に行われているところです。公益法人等は、収益事業を営まなくても、給与を支払っている場合には、その給与の源泉徴収義務が生じます。税務調査の結果を見ると、宗教法人自体の様々な収入を懐に入れ、宗教法人に収入の記録を残さず、家族名義で預金をしていた事例や、銀行や証券会社を調査したところ、戒名料、塔婆料、葬儀・法要のお布施料を仮名預金にしていた事例があります。

当然に住職等の所得と認定され、所得税の課税及び過少申告加算税又は無申告加算税または悪質と判断されれば重加算税（無申告の場合税額の４０％）が課せられます。住職個人として講演を依頼された場合以外は、収入は一旦宗教法人へ入金し、宗教法人会計から給与として支払うことになります。給与として支払う場合は給与の源泉所得税を控除し、控除した源泉所得税は原則、給与を支払った翌月の１０日までに税務署に納税する必要があります。ただし、給与の支払いが１０人以下の場合は、６ヶ月ごとに７月１０日、１月１０日までに納付する特例があります。

給与の源泉所得税を計算するためには、税務署に備えられている「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」を給与所得者に記入してもらい、宗教法人で保管し、これを基礎に「給与源泉所得税の月額表」に照らして正しい源泉所得税を計算して給与から控除することになります。年末には、年末調整を行い年末調整の過不足を精算することになります。（出典元：http://www.hi-ho.ne.jp/yokoyama-a/syukyohoujin.htm）